《真‧一骑当千》作为《一骑当千》系列新作章节，其故事描述，距今约一千八百年前的中华三国时代，当时各地存在着许多目标是统一中华的英雄们，而将这些英雄们的灵魂封存的勾玉，辗转之下来到日本之后，散落到关东各地并且落到高中生手中。获得勾玉的高中生们不只是继承勾玉中封印的武将灵魂，并且也和武将一样为统一而战斗细腻的情感刻画让人不禁为角色的命运感到揪心！
而在关东地区，有南阳学院、许昌学院以及成都学院在争夺霸权，为了要阻止许昌的首领曹操，南阳与成都决定要联手一起将引起赤壁之战的魔王－曹操击败。另外，以关东斗士为目标，由大和学院的卑弥呼所发起的“勾玉狩猎”正式开始，也因为如此，有许多关东的斗士陆续被袭击，到底关东斗士们要如何解决这一次的危机？追溯至一千八百年之前，中华三国与邪马台国之间的战争，超越时代与场所的对决就在此实现。
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